Šest mjeseci nakon događaja opisanih u Matrixu, Neo se pokazao kao dobar znak za slobodne ljude, jer se sve više i više ljudi oslobađa iz matrixa i dovodi u Zion, jedno i jedino uporište Pokreta otpora. Neo je sam otkrio svoje supermoći uključujući super brzinu, sposobnost da vidi kodove stvari unutar matrice i određeni stupanj pred-spoznaje. Ali gadna vijest pogađa ljudski otpor: 250 000 strojnih stražara kopa do Ziona i stići će do njih za 72 sata. Dok se Zion priprema za konačni rat, Proročište savjetuje Nea, Morpheusa i Trinityja da pronađu Tvorca ključeva koji će im pomoći da dođu do Izvora. U međuvremenu Neovi stalni snovi koji prikazuju Trinityjevu smrt zabrinuli su ga i kao da to nije dovoljno, agent Smith je nekako izbjegao brisanje, postao je moćniji nego prije i odredio Nea kao svoju sljedeću metu.